Desde hace unos cuantos kernels, concretamente desde el 2.6.35.24, vengo sufriendo pérdida de audio por cualquier tipo de salida digital de este controlador tan común en muchas placas de hoy en día con controladora Intel.
El problema parecía estar en el módulo en sí que se cargaba para el hardware (alsa, pulse y demás eran iguales siempre) y sólo afectaba a ramas por encima de la mencionada, así que me puse a investigar (uno quiere actualizar a kernels más modernos) hasta que dí con el asunto, parece que el fix aún no se ha incluído en las opciones de carga de módulos de sonido al arranque pero es tan sencillo como añadir:

options snd-hda-intel model=6stack-dig

Al archivo de opciones de carga de módulos relacionados con alsa en:

/etc/modprobe.d/alsa-base.conf

Y ¡voila! vuelta a tener salida de audio digital y sonido sin problemas.

Fuentes: Fuente 1 Fuente 2